Kagemaru - il protagonista della vicenda. Si tratta di un ninja abilissimo che ha sposato la causa dei contadini ribelli. Attorno al personaggio aleggia un alone di mistero: non solo all'inizio si fatica a capire chi sia e cosa voglia davvero, ma pare addirittura essere immortale. In realtà i suoi 'poteri' derivano dalla sua astuzia e dalla collaborazione dei suoi compagni ninja di Kage.
Kagemaru è un eroe dalla psicologia complessa: se indubbiamente non gli si può negare una evidente forza morale, se gli intenti che lo muovono sono nobili e rivolti al bene comune, se la sua buona fede assoluta è dimostrata dal suo coraggio che non viene meno neanche davanti alla morte, non si può d'altro canto dire che i suoi metodi siano quelli che ci si aspetterebbe da un eroe senza macchia: il suo modo di fare è sempre più scaltro che trasparente, e non esita infatti a servirsi di questo o di quello, anche sfruttando a proprio vantaggio le debolezze altrui, pur di ottenere quello che si era prefisso.
Jutaro Yuki - Jutaro è il figlio di Mitsuharu Yuki, legittimo proprietario del castello di Fushikage e del feudo annesso. In seguito all'assassinio del padre da parte di Shuzen, si è votato ad una vendetta che per lui diventa un'ossessione che porterà con sé solo dolore e rovina. Rimasto ferito durante uno scontro con Hotarubi, viene salvato da Kagemaru e coinvolto così nella vicenda delle guerre contadine. Jutaro è un personaggio molto ottuso, dall'orizzonte estremamente limitato: vede solo la propria vendetta e non si accorge di nient'altro, né dell'affetto che gli altri provano per lui, né degli eventuali vantaggi che gli altri si aspettano di ricavare da lui, e questo lo rende quasi costantemente una semplice pedina nelle mani di personaggi più spregiudicati. La sua incapacità di accantonare il rancore, di uscire dalla sua ottica di nobile e cercare di comprendere che il mondo è qualcosa di più ampio, però, alla fine lo condannano a una vita di solitudine e di rimpianti.
Hotarubi Sakagami - è la sorella minore di Shuzen. Non si sa in che misura fosse coinvolta relativamente all'omicidio di Mitsuharu Yuki, ma considerando che appare come il braccio destro del fratello è plausibile che si fosse macchiata le mani a sua volta del suo sangue. Hotarubi è un personaggio molto complesso e ben delineato: se anche le sue azioni sono sempre e comunque realizzazioni degli ordini di qualcun altro, se senz'altro ella rappresenta nel modo più pieno il ninja servo di qualcuno, il sicario che si limita ad obbedire in silenzio, è sempre molto chiaro il suo coinvolgimento emotivo. Probabilmente, anzi, è il personaggio la cui interiorità è delineata con maggiore delicatezza: innamoratasi suo malgrado di Jutaro, sa di non poter far altro che contrastarlo (e lo fa in modo spietato), ma è evidente quanto tutto questo le costi. Insomma, Hotarubi è l'icona di una vita sacrificata al dovere e all'obbedienza, ma non per questo arida e priva di sentimenti.
Shuzen Sakagami - ecco l'uomo la cui testa Jutaro va cercando ossessivamente. Come la sorella, anch'egli è un ninja, ma la sua ambizione e il suo egoismo lo portano a trovare ben misera la prospettiva di servire qualcuno per tutta la vita. Ecco quindi che complotta prima l'omicidio di Mitsuharu Yuki, poi quello di altre persone via via più importanti, disseminando di cadaveri la propria scalata al potere. Shuzen è il contraltare negativo di Kagemaru. Essi sono, in realtà, molto simili a livello di modus operandi: entrambi scaltrissimi, entrambi sempre pronti ad attingere a risorse insospettate, entrambi decisamente indipendenti nelle proprie decisioni, entrambi privi di scrupoli nell'usare le persone a proprio vantaggio. La differenza che oppone in modo abissale Shuzen e Kagemaru è il motivo ultimo del loro agire: se per Kagemaru lo scopo è un bene comune e quasi utopico, Shuzen, più aridamente, si limita a desiderare il bene per sé soltanto. Ma si sa che giocare col potere è molto pericoloso...
Ninja di Kage - dei ninja compagni di Kagemaru non si può dire molto a livello di carattere, perché - con la sola eccezione di Onikichi - gli altri sono delineati in modo molto sommario. Molto spazio è concesso alle loro vicende personali, ma non restano mai in scena così tanto da permettere un'analisi del loro carattere.
Iwana - è il ninja-anfibio. Anni prima la sua famiglia era rimasta coinvolta in una faccenda terribile: provato al limite dell'umana sopportazione dalla carestia e dalla fame, qualcuno nel loro villaggio aveva cominciato ad uccidere esseri umani per poi mangiarseli. Un membro della famiglia di Iwana viene accusato di essere il colpevole e, per punizione, oltre a lui vengono uccisi anche gli altri parenti. L'unico che riesce a mettersi in salvo è il piccolo Iwana, che però è costretto ad assistere alla morte della madre, che viene gettata in acqua e fatta affogare. Inconsolabile, il bambino comincerà a passare sempre più tempo in acqua, nel tentativo di rimanere col corpo della madre morta, fino a che non subisce una vera e propria mutazione, con tanto di arti palmati e branchie.
Kusare - fin da piccolo ha sempre mostrato un grandissimo amore per gli animali, al punto da preferire la loro compagnia a quella degli esseri umani. Un giorno un cacciatore uccide uno dei suoi amichetti a quattro zampe e questo convince il bambino a fuggire da casa e dal suo villaggio per allontanarsi da tali mostri di crudeltà. Finisce così per essere adottato da un tasso, che lo crescerà come uno dei suoi cuccioli. La sua vera famiglia tenta di riportarlo alla civiltà, e in un primo tempo ci riesce, a patto di 'adottare' in casa anche il tasso. L'ennesimo sparo di un cacciatore però convince Kusare a lasciar perdere la vita sociale, finché non incontra Kagemaru.
Shibire - in circostanze drammaticamente analoghe a quelle di Iwana, ha scoperto che il suo corpo ha un potere straordinario e particolarmente letale. Suo padre era stato accusato di aver rubato del cibo in tempo di carestia: in quelle circostanze non c'era pietà né per i ladri né per chi comunque di quel cibo aveva goduto. Per questo motivo anche Shibire, sua madre e i suoi fratelli erano stati condotti al patibolo: la loro pena consisteva nell'essere infagottati e poi gettati in acqua e lasciati affogare. Inutile dire che, anche stavolta, l'unico a sopravvivere per miracolo è il bambino. Ma la cosa straordinaria accadde dopo, quando gli uomini armati che si erano avvicinati a lui per finirlo morirono improvvisamente come folgorati. Più volte, nella sua vita, Shibire si ritrovò a scampare per miracolo a pericoli che sembravano averlo sopraffatto per circostanze simili: il suo assalitore all'improvviso si ritrovava a terra, fumante. Grazie all'incontro con Kagemaru, Shibire apprende di avere il potere di produrre scariche elettriche senza risentirne.
Onikichi Ozoroku- tra tutti i ninja di Kage, sembra essere senz'altro quello più scaltro. Forse è addirittura più astuto di Kagemaru: è l'unico, infatti, ad averlo messo nel sacco!
Il suo corpo ha una caratteristica davvero singolare: Onikichi, infatti, è in grado di ritirare in dentro la testa come una tartaruga nel guscio. Questa particolarità gli consente di mettere in pratica trucchetti di grandissimo effetto, come quello di fingersi un corpo senza testa parlante terrorizzando i propri avversari. Onikichi, comunque, ha delle doti fisiche straordinarie anche indipendentemente da questa sua caratteristica (è tanto veloce da battere in velocità perfino un cavallo al galoppo), e mostra di intendersi molto anche di arti curative. Si tratta proprio di un ninja molto saggio e abile. Ha un figlio che si chiama Taro.
Mitsu - Mitsu non è uno, ma sono tre. Anni addietro, Kagemaru aveva soccorso una donna incinta agonizzante, aiutandola durante il parto che era sopraggiunto proprio a un passo dalla morte. La donna aveva dato alla luce tre gemelli che poi Onikichi, approfittando della disattenzione di Kagemaru che era intento a seppellire i corpi della donna e di suo marito, aveva letteralmente fatto sparire. Cresciuti - si suppone - da Onikichi stesso, i tre ragazzi aderiscono al clan dei ninja di Kage. Si 'riconoscono' perché sono sempre identici, qualunque sia l'aspetto che decidono di assumere - sono molto abili nel travestimento, infatti.
Altri personaggi -
Ninja Bugeicho conta tra le sue fila molti personaggi secondari, accanto ai protagonisti. Questi personaggi secondari possono tuttavia avere un ruolo alquanto incisivo, a volte al punto da condizionare notevolmente gli eventi. Ecco una breve carrellata dei principali.
Akemi - Akemi è la sorella minore di Kagemaru, e per questo conosce molto bene a sua volta le tecniche e le conoscenze medicinali tipiche dei ninja. Più volte durante la storia si potranno ammirare la sua prontezza di riflessi e la sua agilità - e penso che la scena in cui, nonostante la gravidanza, riesce a tenere testa ai suoi assalitori sia piuttosto indicativa di quanto Akemi sia una donna forte sia fisicamente sia psicologicamente. È evidentemente innamorata di Jutaro, che si trova a soccorrere più volte: il sentimento sembra essere ricambiato da lui, che però continua a mettere la vendetta davanti alla loro relazione. Nonostante questo Akemi continua a preoccuparsi per lui e ad essergli vicina, dimostrando quindi una grande comprensione e una grande dolcezza.
Akechi Mitsuhide - è uno dei sottoposti di Nobunaga Oda. Per proteggersi da eventuali attacchi e eventuali nemici, ha assoldato alcuni 'uomini-ombra' identici a lui. Shuzen, non immaginando di mettersi così nei guai, uccide uno di questi e Mitsuhide a quel punto lo costringe a rimpiazzarlo, riducendolo quindi ad un suo servo. Ha a suo servizio anche un'armata di ninja, di cui Hotarubi dovrà far parte suo malgrado. Lo scontro tra i ninja di Akechi e quelli del clan di Kage sarà senza esclusione di colpi.
Mufu Dojin - questo vecchio monaco è nientemeno che uno dei più abili killer dell'epoca Sengoku, nonché il maestro di Kagemaru. Nonostante tale relazione, Mufu sembra essere molto diverso dal suo discepolo, prediligendo di gran lunga beni materiali alle battaglie per gli ideali: proprio su richiesta di Nobunaga Oda accetterà di portargli la testa di Kagemaru in cambio di cinquemila monete d'oro...
Nobunaga Oda - direttamente dalla storia del Giappone, ecco un personaggio protagonista del periodo di caos e ribellioni che caratterizzò l'epoca Sengoku. Molto spesso Nobunaga viene rappresentato in un'ottica a suo modo positiva, perché senz'altro il suo operato ebbe il merito di spingere il Giappone fuori dal suo medioevo, ma Shirato qui ne dà un'interpretazione piuttosto negativa: se dunque ciò che fece Oda fu utile, sembra che questa utilità sia stata una mera conseguenza collaterale al suo vero obiettivo che era il puro e semplice potere. Nobunaga qui è un personaggio alquanto gretto e ambizioso, freddamente calcolatore, e soprattutto oppressore. La sua fazione è quella che mira a soffocare ogni bene che il futuro potrebbe riservare. Insomma, Nobunaga Oda è il Nemico vero e proprio di tutto ciò per cui Kagemaru e i contadini combattono.